Desde 1969 el Museo Nacional ha sido el encargado de mostrar al país una exposición que represente la identidad ecuatoriana.

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En este trayecto el museo ha servido como aparato simbólico del Estado para emitir el discurso de nación que los distintos presidentes del Ecuador han intentado transmitir. De ahí que se decidiera efectuar esta última transformación en el 2015.

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Por muchos años, el Museo Nacional fue administrado por el Banco Central del Ecuador. Durante ese tiempo se mantuvo el mismo discurso museográfico que poco a poco se vio más y más obsoleto en relación al presente cambiante del país.

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En el 2007, con la llegada de Rafael Correa a la presidencia del Ecuador, se crea el Ministerio de Cultura, una entidad dedicada plenamente a trabajar alrededor de las distintas aristas que implica la construcción de la identidad cultural y patrimonial ecuatoriana.

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Uno de los grandes reformas que hizo el Ministerio de Cultura fue la adopción de la colección del Banco Central para reestrucuturar la administración de todos los bienes.

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Así, el Museo Nacional del Banco Central siguió momentáneamente la misma línea, pero bajo una nueva administración. En el 2016 con motivo de la convención internacional Habitat III se lo cerró para entrar en un proceso de remodelación y replanteamiento. 

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A partir de ese momento empieza este periodo incierto para la cultura ecuatoriana. El museo apagó las luces, bloqueó las puertas y por tres años mantuvo un discurso de pronta reapertura que se prometió varias veces. 

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Todos quienes se han interesado por la cultura ecuatoriana vieron este episodio y esta constante promesa como un atentado a la identidad cultural ecuatoriana. A pesar de todo el museo abrió finalmente sus puertas al público en el 2018 con una inversión de 1,5 millones de dólares aproximadamente.